โครงการพื้นที่ต้นแบบบูรณาการแก้ปัญหาและพัฒนาพื้นที่ตำบลแก่นมะกรูด อำเภอบ้านไร่ จังหวัดอุทัยธานี เป็นหนึ่งในโครงการที่ได้น้อมนำแนวพระราชดำริของพระบาทสมเด็จพระบรมชนกาธิเบศร มหาภูมิพลอดุลยเดชมหาราช บรมนาถบพิตร เข้ามาแก้ไขปัญหาในพื้นที่ตำบลแก่นมะกรูด ตั้งอยู่ในพื้นที่กันชนเขตรักษาพันธุ์สัตว์ป่าห้วยขาแข้ง อดีตมีปัญหาการรุกพื้นที่ป่าอย่างรุนแรง
โดยระยะเวลา 23 ปี ตั้งแต่ปี 2516- 2538 พบว่า พื้นที่ป่าถูกแผ้วถางทำเกษตรกรรมและเป็นไร่ร้างถึง 8,960 ไร่ แม้ทางการจะพยายามเข้าไปปราบปรามและแก้ไขก็ไม่เป็นผล กระทั่งสถาบันส่งเสริมและพัฒนากิจกรรมปิดทองหลังพระ สืบสานแนวพระราชดำริ เข้ามาเป็นองค์กรกลางประสานการทำงานกับหน่วยงานต่าง ๆ โดยน้อมนำแนวพระราชดำริเป็นหลักสำคัญในการแก้ไขปัญหา
ซึ่งจุดเริ่มต้นของโครงการนี้ได้เริ่มมาจากการที่หน่วยงานภายในจังหวัด มีความพยายามที่จะแก้ไขปัญหารุกพื้นที่ป่าห้วยขาแข้งแต่ยังไม่สามารถแก้ปัญหาได้ กระทั่งได้มีโอกาสไปศึกษาดูงานที่โครงการพัฒนาดอยตุง (พื้นที่ทรงงาน) อันเนื่องมาจากพระราชดำริ ของมูลนิธิแม่ฟ้าหลวง ในพระบรมราชูปถัมภ์ จึงได้เห็นผลจากการพลิกฟื้นภูเขาหัวโล้นในปี 2530 จนมาเป็นพื้นที่ป่าสมบูรณ์เช่นปัจจุบันได้
โดยแนวพระราชดำริอันเป็นหลักการทำงานสำคัญของโครงการพื้นที่ต้นแบบฯ นี้คือ “การระเบิดจากข้างใน” นั่นคือการมุ่งแก้ปัญหาโดยคนในชุมชนมีส่วนร่วมทั้งคิดและลงมือทำเพื่อให้เกิดความรู้สึกเป็นเจ้าของซึ่งนายก อบจ. อุทัยธานีได้ให้ข้อมูลว่าโครงการนี้เริ่มจากการดึงคนในชุมชนเข้ามาพูดคุย เพื่อทำความเข้าใจและแก้ไขปัญหาร่วมกัน ซึ่งยอมรับว่ายากมาก เพราะชุมชนยังติดอยู่กับการทำเกษตรแบบเดิม คือ การทำไร่ข้าวโพด และการเข้าร่วมโครงการฯ จะเป็นการจำกัดพื้นที่ทำกิน แต่จำนวนผู้เข้าร่วมโครงการเพิ่มขึ้น จนปัจจุบันสามารถกำหนดพื้นที่อยู่อาศัยและพื้นที่ทำกินของประชาชน และลดปัญหาการรุกพื้นที่ป่า แม้จะยังไม่หมดไป แต่ก็ลดลงมากเนื่องจากชุมชนยอมเข้ามาตกลงกับทางการ
แต่ด้วยความร่วมมือจากทุกภาคส่วน ทำให้แก่นมะกรูดในวันนี้ กลายเป็นสถานที่ท่องเที่ยวที่คนนิยมไปเยือนด้วยฉายา “หนาวสุดกลางสยาม” ที่มีการปลูกพืชเศรษฐกิจเป็นทางเลือกมากขึ้น มีไม้ผลที่ให้ทั้งผลผลิตเพื่อจำหน่าย และช่วยเพิ่มพื้นที่สีเขียวในการทำโฮมสเตย์เสริมแหล่งท่องเที่ยวที่เป็นธรรมชาติ
ปัจจุบัน ชาวบ้านแก่นมะกรูดที่เข้าร่วมโครงการฯ มีรายได้จากการทำเกษตรและการท่องเที่ยวโดยในปี 2563 เกษตรกรในพื้นที่มีรายได้รวมกว่า 78.69 ล้านบาท ไม่ต้องมีปัญหาขัดแย้งกับเจ้าหน้าที่อุทยานฯ เรื่องการบุกรุกป่า มีแหล่งน้ำเพียงพอทำเกษตรตามฤดูกาล ลดมลพิษให้ผืนป่า พร้อมกับมีชีวิตความเป็นอยู่ที่ดีขึ้น