อาการเริ่มแรกต้นกระชายจะแสดงอาการใบม้วนห่อ สีใบซีด แล้วเปลี่ยนเป็นสีเหลืองและแห้ง บริเวณโคนต้นมีอาการฉ่ำน้ำ ลำต้นเน่าหลุดออกจากเหง้าได้ง่าย หักพับ แต่ไม่มีกลิ่นเหม็น
หากตรวจดูที่ลำต้นจะพบส่วนของท่อลำเลียงน้ำและอาหารมีสีน้ำตาลเข้ม เมื่อผ่าลำต้นตัดตามขวางและนำมาแช่ในน้ำสะอาดประมาณ 5-10 นาที จะพบของเหลวสีขาวคล้ายน้ำนมไหลออกมา
หากพบต้นกระชายที่เริ่มแสดงอาการของโรคเหง้าเน่า ให้ขุดต้นที่เป็นโรคนำไปทำลายนอกแปลงปลูกทันที จากนั้นให้โรยด้วย ปูนขาวในหลุมที่ขุด และควรทำความสะอาด อุปกรณ์การเกษตรที่ใช้กับต้นที่เป็นโรคก่อนนำกลับมาใช้ใหม่ทุกครั้ง
ส่วนในแปลงที่มีการระบาดของโรค หลังการเก็บเกี่ยวผลผลิตแล้ว ให้เกษตรกรเก็บส่วนต่างๆของพืชที่เป็นโรคนำไปทำลายทิ้งนอกแปลงปลูกทันที
การป้องกันกำจัดโรคในฤดูปลูกถัดไป ควรเลือกพื้นที่ไม่เคยพบการระบาดของโรคมาก่อน ทำแปลงปลูกให้มีการระบายน้ำที่ดี ควรเตรียมดินก่อนปลูก ด้วยการไถพรวนดินให้ลึกจากผิวดินมากกว่า 20 ซม.ขึ้นไป ตากดินไว้ให้นานกว่า 2 สัปดาห์
กรณีในพื้นที่เคยมีการระบาดของโรค ก่อนปลูกให้อบดินเพื่อฆ่าเชื้อโรคด้วยการโรยยูเรียผสมปูนขาว อัตรา 80 : 800 กก.ต่อไร่ จากนั้นไถกลบและรดน้ำให้ดินมีความชื้นและทิ้งไว้ประมาณ 3 สัปดาห์ จึงเริ่มปลูกกระชายได้
อีกทั้งให้เลือกใช้หัวพันธุ์ที่มีคุณภาพดีจากแหล่งปลอดโรค และหลีกเลี่ยงการปลูกพืชอาศัยของเชื้อก่อโรค เช่น พืชตระกูลขิง พืชตระกูลมะเขือ มันฝรั่ง พริก และถั่วลิสง รวมถึงควรสลับเปลี่ยนไปปลูกพืชชนิดอื่นหมุนเวียน เช่น ข้าว ข้าวโพด และมันสำปะหลัง เพื่อตัดวงจรการระบาดของโรค
