การเพาะมะละกอให้เป็นต้นกล้าที่แข็งแรงสมบูรณ์นั้น เป็นเรื่องของการลงมือทำที่ต้องการการเอาใจใส่อย่างมาก เพื่อที่เราจะได้ต้นมะละกอที่แข็งแรงพร้อมให้ผลมะละกอที่ขนาดเหมาะสมตรงตามสายพันธุ์และมีคุณภาพตรงตามความต้องการของตลาด และมีความทนทานต่อโรคพืชและแมลง โดยจะต้องให้ความสำคัญตั้งแต่การเพาะขยายพันธุ์ การเตรียมแปลงปลูก กระบวนการปลูกและดูแล ไปจนกระทั่งการเก็บเกี่ยวผลผลิต
วิธีการเพาะมะละกอที่นิยมคือการเพาะเมล็ดลงถุงเพาะชำหรือถุงดำที่มีรูระบายน้ำ ซึ่งถือว่าเป็นวิธีที่ค่อนข้างสะดวก โดยให้เตรียมวัสดุปลูกที่เหมาะสม โดยทั่วไปจะใช้วัสดุปลูกที่ประกอบไปด้วย ดินร่วน 3 ส่วน ผสมเข้ากับ ปุ๋ยคอกเก่า 1 ส่วน และอินทรียวัตถุที่หาได้ง่ายในพื้นที่ เช่น เศษหญ้าแห้งสับ-แกลบ-เปลือกถั่ว 1 ส่วน ให้วัสดุทั้งหมดคลุกเคล้าให้เข้ากันดี แล้วจึงนำวัสดุปลูกเทลงในถุงดำที่เตรียมไว้ แล้ววางเมล็ดมะละกอจำนวน 3 เมล็ด ลงไปก่อนที่จะเทดินกลบเมล็ดบางๆ (ความหนาของดินประมาณ 0.50 เซนติเมตร) แล้วจึงรดน้ำให้พอชุ่ม จัดวางถุงเพาะชำไว้ในที่ที่แสงแดดส่องถึงได้ดี รดน้ำวันละ 2 ครั้งในปริมาณที่พอเหมาะในเวลาเช้าและเย็น ใช้เวลาไม่ถึง 2 สัปดาห์ ต้นกล้าจะเริ่มผลิใบขึ้นมาราว 2-3 ใบ ให้เราคัดเลือกต้นกล้าที่ไม่สมบูรณ์เพื่อถอนออกจากถุงเพาะชำและเหลือทิ้งไว้เพียงต้นที่สมบูรณ์เพียง 1 ต้น ใช้เวลาดูแลต่อเนื่องในถุงเพาะชำอีกประมาณ 6-8 สัปดาห์จึงย้ายลงแปลงปลูก
อีกวิธีที่นิยมใช้ในการเพาะมะละกอ คือ การเพาะลงในแปลงแล้วจึงย้ายลงถุง โดยมักจะมีการเตรียมแปลงให้ผังของแปลงยาวตามแนวระหว่างทิศเหนือและทิศใต้ เพื่อให้ได้รับแสงแดดอย่างทั่วถึงทั้งแปลง ยกคันแปลงขึ้นจากระดับหน้าดินเดิม 15 เซนติเมตร แปลงปลูกควรมีความกว้างประมาณ 1 เมตร และยาวประมาณ 4 เมตร พรวนดินให้ร่วนซุยละเอียดและผสมปุ๋ยคอกเก่าคลุกเคล้าให้เรียบร้อย ใช้ไม้ขีดลงบนแปลงเป็นร่องสำหรับหว่านเมล็ดลึกราว 1 เซนติเมตร แต่ละแถวเว้นระยะประมาณ 25 เซนติเมตร แล้วนำเมล็ดพันธุ์มาโรยเป็นระยะอย่างเหมาะสม แล้วกลบดิน รดน้ำพอชุ่ม รอจนต้นกล้าแตกใบประมาณ 3 ใบ ซึ่งอาจจะใช้เวลาราว 3 สัปดาห์ขึ้นไปจึงย้ายลงถุงเพาะชำ วางไว้ในที่ที่มีแสงแดดรำไร เมื่อต้นกล้าแข็งแรงเต็มที่จึงย้ายลงปลูกต่อไป โดยกระบวนการตั้งแต่เพาะเมล็ดมะละกอไปจนถึงการปลูกจะกินเวลาประมาณ 6-8 สัปดาห์ ทั้งนี้ควรเริ่มเพาะเมล็ดในราวเดือนมกราคม เพื่อจะได้ทำการปลูกในเดือนมีนาคม และเก็บเกี่ยวผลผลิตได้ในเดือนตุลาคมซึ่งเป็นช่วงที่มะละกอสามารถขายได้ราคาดี เพราะสินค้ากลุ่มผลไม้ในตลาดชนิดอื่นๆ มีไม่มากนัก
